Jdeš na to dobře a co píšeš dává smysl. Co se týká vzdálenosti, ve které měřit - důležitý je, abys měřil ve vzdálenosti, kde už se frekvenční chára nemění s dalším vzdalováním, to snadno zkusíš. Když budeš moc blízko, bude se to pořád dost měnit, což je špatně. Okolo 1m pro malý dvoupásmo by snad mohlo stačit. S "vertikálním měřením" se to má tak, jak říkáš, a ideálně by bedna měla stát na nějakém tenkém stojanu, který to měření takhle neovlivní.
Ad fáze při změně vzdálenosti - viz výše, souvisí to s měřením v dostatečné vzdálenosti. Ono se to trochu posune skoro vždycky, protože se zpravidla trochu změní rozdíl vzdáleností k jednotlivým reprákům, ale neměly by to být velký rozdíly - pokud jsou, měříš to moc zblízka.
Jinak pokud se ti posune fáze, když dáš bednu na bok (a chára zůstana +-stejná), dost pravděpodobně si tím jen trochu změnil vzdálenost repra od mikrofonu, na to stačí málo. To ale nevadí, důležitý je, aby to sedělo mezi všema reprákama v rámci měření v jednom směru, ne mezi měřeníma.